Qu'ils soient pirates ou non, les marins ont toujours communiqué à l'aide de morceaux d'étoffe. Pour le corsaire Jean Bart, en 1694, une flamme écarlate au grand mât donne l'ordre de cannoner, tandis qu'un carré bleu au mât d'artimon signifie "abordage". [2]
Le premier pavillon noir décrit fut celui du capitaine français Emmanuel Wynne vers 1700 qui attaque le navire de ligne HMS Poole, au large de Santiago de Cuba.
Le crâne et les tibias ne sont pas de son invention, symbole de la mort ils étés déjà utilisés par quelques marines européennes depuis le XVe siècle, bien avant que les pirates ne l'adoptent.
Les pirates hissaient leur pavillon noir avant de passer à l'attaque, pour terroriser l'adversaire.
Cette manoeuvre pouvait suffir à elle seule pour décourager les navires marchant qui préféraient se rendre sans combattre.
Si ce dernier refusait de s'arrêter, les pirates envoyaient un drapeau rouge sang pour signaler à l'adversaire que personne ne serait épargné.
Cette dernière couleur signifiant alors : "la mort pour tous", "pas de quartier"...
Parfois, par ruse, il ils hissaient le pavillon rouge au dernier moment alors que le navire se rendait, pour satisfaire leur insaciable cruauté.
Une autre ruse consistait à d'abord hisser le pavillon d'un pays neutre, ou celui du même pays que le navire, puis de déclencher la surprise et l'effroi en hissant le pavillon noir une fois le navire approché...
Ces pavillons étaient parfois blancs sur fond rouge, vert, et plus fréquemment noir, d'où leur appellation.

Confectionnés de grosse toile par le voilier du bord, les motifs en étaient assez simplistes : crânes et os, boulets de canons, sabres, sabliers rappelant à l'adversaire s'il était besoin que son temps était compté, l'essentiel étant de provoque l'épouvante au sein de l'équipage du navire convoité.
L'expression "Jolly Roger" apparait pour la première fois en 1724 dans le livre
Histoire Général des Pirates attribué à un Captain Johnson que certains supposent être un pseudonyme pour Daniel Defoë.
Le nom des pavillons de pirates "Jolly Roger" semble être d'origine française. Certains historiens pensent que les boucaniers et pirates français de la mer des Caraïbes, employaient "joli rouge" (avec le "e" de "rouge" accentué) à l'approche du pavillon rouge des flibustiers anglais.
Le passage de la langue française à l'anglais, aurait déformé sa prononciation en "Jolly Roger", conservé depuis lors pour désigner le pavillon pirate.
Il n'y a malheureusement aucune source d'époque qui atteste l'emploi de l'expression "joli rouge" par des marins francophones.
Plusieurs historiens anglais préfèrent une explication basée sur l'utilisation du surnom "Old Roger" pour parler du diable.
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