Des précautions sont également à prendre pour que l'exploitation du port s'effectue sans nuisances pour l'environnement humain et naturel :
- pour assurer la sécurité des mouvements des navires, l'entrée et la sortie du port ainsi que les autres manœuvres sont contrôlées et assistées par le VTS (Vessel Traffic System), en utilisant des radars et une transmission radio téléphonique des informations aux capitaines et aux pilotes.
- le rejet de déchets (produits de lavage des citernes des navires pétroliers ou chimiques, ordures ménagères produites à bord des navires) et le déversement d'effluents d'origine terrestre dans le plan d'eau calme des bassins peuvent détériorer grandement la qualité de l'eau.
A gauche : vigie du port contrôlant le mouvement des navires.
A droite : tour de la vigie du port du Havre.Les ports se dotent donc d'équipements (par exemple, des stations de déballastage permettant de recevoir et traiter les déchets qui se forment dans les cuves des navires pétroliers) et de services qui permettent d'éviter tout rejet de déchets dans les bassins. Les effluents qui s'y déversent doivent avoir été sérieusement épurés.
La manutention et le stockage des marchandises dangereuses (explosives, inflammables, toxiques) se font en respectant strictement les règles de sécurité, notamment pour ce qui concerne l'implantation, la conception et l'exploitation des équipements.
Les opérations portuaires ne doivent pas causer de nuisances (bruit, poussières,…) à l'environnement humain : les postes à pondéreux solides en vrac sont donc implantés à une distance suffisante des zones urbaines ; les bandes transporteuses sont " enfermées " sur la quasi totalité de leur longueur pour éviter l'entraînement des poussières par le vent.

Capotage de bandes transporteuses pour éviter les émissions de poussières
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